研究內容

● 植物轉錄因子資料庫與調控網路平台之建立 (AtPAN, PalntPAN2.0)

深入了解基因的轉錄機制在植物研究領域中是非常重要的議題。

以阿拉伯芥、玉米、水稻為模型，利用生物資訊及系統化的分析技術，建構植物轉錄因子資料庫與調控網路平台，包含AtPAN和正在開發中的PlantPAN2.0 (PlantPAN目前被SCI期刊引用次數多達160餘次)，不僅讓植物學家能有效查詢轉錄調控因子的詳細資訊，以及與啟動子(Promoter)之間的交互作用，並提供跨物種比對和調控網路的建立。

● 植物微小RNAs(microRNAs)預測模型與轉錄調控網路之建立 (At.miRNET)

植物微小核醣核酸在生物體中雖不具有轉譯成蛋白質的特性，但在調控基因表現的功能上卻扮演著極為關鍵性的角色。

我們藉由次世代定序技術(NGS, next-generation sequencing)所產生的序列資料，積極開發以阿拉伯芥為模型的微小核醣核酸的預測模型， 以及其調控網路的工具與資料庫AtmiRNET，提供植物學家在研究微小核醣核酸領域上非常有用的資源。

● 植物轉錄體與代謝體資料整合分析 (EXPath, AlgaePath)

實驗室內蒐集歷年來公開發表的微陣列晶片(microarray)和NGS技術所產生的基因表現量資料，建立以植物及藻類為主的資料庫EXPath和AlgaePath，並首次將植物轉錄體與代謝體做整合，開發相關的比較分析(comparative analysis)工具。

● 蝴蝶蘭抗病與致病機制分析 (中央研究院共同合作)

蝴蝶蘭為極具經濟價值的盆花植物，如何有效防治病蟲害是一個重要的議題。

本實驗室與中研院植物暨微生物學研究團隊合作，利用NGS資料呈現轉錄體和Small RNA在蝴蝶蘭體內之表現概況，分析可能的致病與抗病機制。

● 總基因體學(metagenomics)資料分析 (土壤微生物菌向分析)